Les Agences de l’eau et les Conservatoires d’espaces naturels développent depuis longtemps de très nombreux partenariats dans les territoires au profit des zones humides. Notamment par l’article L213-8-2 du Code de l’Environnement, les Agences de l’eau peuvent attribuer aux Conservatoires d’espaces naturels des aides à l’acquisition.
L’Agence de l’eau Loire-Bretagne soutient les Conservatoires d’espaces naturels et leur Fédération pour la mise en œuvre d’un vaste programme en faveur des espaces naturels et des espèces liées au fleuve et à son bassin versant, le plan Loire. Une convention cadre impliquant la Fédération des Conservatoires d’espaces naturels ainsi que tous les Conservatoires du bassin versant a été signée en juillet 2016.
L’ Agence de l’eau Rhône-Méditerranées-Corse en fait de même en soutenant la Fédération des Conservatoires d’espaces naturels pour mener la mission d’animation du volet biodiversité du plan Rhône-Saône.