La Fédération coordonne ou participe à des programmes nationaux et territoriaux.

C’est l’expertise menée sur différents territoires par les Conservatoires d’espaces naturels qui, naturellement, a conduit la Fédération à être mandatée pour ces programmes spécifiques. Aujourd’hui, si leur action dépasse le cadre strict du réseau, ces programmes rejaillissent sur la notoriété de l’ensemble des Conservatoires d’espaces naturels.